Misją Polskiego Klubu Ekologicznego jest wspieranie zrównoważonego rozwoju, poprawa stanu środowiska, ochrona przyrody oraz zdrowia człowieka. Jakość życia zależy bowiem od racjonalnego gospodarowania zasobami naturalnymi i zachowania równowagi pomiędzy środowiskiem a rozwojem cywilizacji.
Klub podejmuje inicjatywy na rzecz tworzenia i przestrzegania w Polsce prawa w zakresie kształtowania, ochrony i restytucji środowiska. Występuje do organów administracji publicznej, sądów powszechnych, instytucji państwowych, samorządowych oraz Unii Europejskiej o zastosowanie środków zmierzających do zapobiegania szkodom w środowisku, usuwania ich skutków oraz naprawy szkód. Wspiera wszelkie działania, służące przywracaniu równowagi ekologicznej w przyrodzie, czystości biosfery, ochronie krajobrazu naturalnego i kulturowego, a także zdrowia obywateli.
Prowadzi także działaność informacyjną, szkoleniową, dydaktyczno-oświatową i badawczą. Aktywnie uczestniczy w powszechnej edukacji społeczeństwa w zakresie ekologii oraz zrównoważonego rozwoju, który powinien być podstawą polityki społeczno-gospodarczej państwa.